Los monstruos empiezan a atacar y destruir las capitales del mundo: Mothra en Pekín, Rodan en Moscú, Manda en Londres, Gorosaurus (identificado como Baragon) en París y Godzilla en Nueva York; invaden todas las capitales más importantes del mundo menos Tokio.
El Doctor Yoshida del Comité ordena a una nave espacial, Moonlight SY-3, ir e investigar qué pasó en la Isla de los Monstruos.
La raza se presenta como Kilaakianos, dicen que provienen de una isla entre Marte y Júpiter.
El hecho de que los monstruos no atacaban a Tokio se debe a que los extraterrestres no querían llamar la atención en Japón, porque estaban estableciendo una base secreta en las entrañas del monte Fuji.
Los humanos sospechan que puede ser una base lunar y deciden invadirla como su última esperanza.
Los kaiju, por su parte, son de nuevo enviados a Ogasawara para vivir allí en paz y tranquilidad.