Es probablemente más conocido por sus películas tokusatsu, entre las que se incluyen varias de la serie Godzilla.Dirigió el Godzilla original además de King Kong vs.Godzilla (1964), Gojira-Minira-Gabara: Ōru Kaijū Daishingeki (1969) y muchos otras hasta 1971.También dirigió otros tokusatsu tales como Rodan y Mothra.Ishiro Honda también trabajó con el famoso director japonés Akira Kurosawa, de quien era amigo cercano, como director auxiliar en varios proyectos, incluyendo Stray Dog, Kagemusha, Ran, y Dreams.
