En la película, los científicos investigan la repentina aparición de dos monstruos humanoides peludos gigantes que culmina en una batalla en Tokio.

Stewart y Akemi disipan la idea de que el ataque fue causado por su Frankenstein, postulando que su Frankenstein era gentil, no atacaría ni comería personas, ni viviría en el océano como lo encontraron en las montañas y probablemente murió después de escapar.

Otro barco es atacado y los aldeanos ven al Frankenstein verde frente a la costa al mismo tiempo que un guía de montaña informa haber visto a Frankenstein en los Alpes japoneses.

Su colega, el Dr. Majida, recolecta muestras de tejido del segundo bote.

Stewart y Akemi se van a Tokio para reunirse con los militares para discutir los planes para matar al monstruo.

Durante la evacuación, Akemi jura salvar a Sanda, pero se encuentra con Gaira.

Mientras los militares arrojan bombas alrededor de los Frankensteins que luchan, un volcán submarino entra en erupción repentinamente y se traga a ambos monstruos.

Majida informa a Stewart y Akemi que la muerte de los monstruos no pudo ser confirmada debido al intenso calor, pero enfatiza que nada pudo haber sobrevivido a la erupción.

[1]​[2]​ Hacia finales de 1965, Toho informó al director Ishirō Honda que el contrato de director no se renovaría e Iwao Mori le dijo que necesitaría hablar con el productor Tomoyuki Tanaka sobre cada tarea.

Tani declaró: «Honda-san tuvo que contenerse y soportar tanto durante esa.

Baragon, con los biógrafos de Honda Ryfle y Godziszewski señalando que la continuidad entre las dos películas fue "algo confusa".