Su madre murió siendo Tsuburaya un niño, mientras que su padre debió marcharse a China para atender los negocios familiares.

En 1919 su primer trabajo en la industria del cine fue como asistente cinematográfico en la Nippon Katsudou Shashin Kabushiki-kaisha (en español: "Compañía cinematográfica japonesa") de Kioto, que más tarde pasaría a ser conocida como Nikkatsu.

Después de prestar el servicio militar entre 1921 y 1923, se unió a la compañía "Producciones Ogasaware".

Debido a esto trabajó con su propia compañía, Tsuburaya Visual Effects Research, trabajando en películas de otros estudios hasta que volvió a Toho en la década de 1950.

A pesar de que la religión tradicional de la familia Tsuburaya había sido el Budismo nichiren, Eiji se convirtió al Catolicismo durante sus últimos años.