Ichiro Sakai, un reportero de noticias, y Junko Nakanishi, una fotógrafa, sacan unas fotos para un artículo sobre los daños causados recientemente por un tifón.

El huevo es rescatado por los habitantes del pueblo, quienes después lo venden a Kumayama, empresario de Happy Enterprises.

Cuando están hablando del huevo, aparecen unas chiquitas gemelas, llamadas Shobijin, parecidas a unas hadas.

Las Shobijin abandonan el pueblo y regresan a la Isla Infante, de donde vinieron.

Sakai, Junko y Miura viajan a la Isla Infante para pedir ayuda.

Mothra combate con todas sus fuerzas, pero finalmente es gravemente herida por Godzilla y no puede seguir luchando.

Tras la victoria, las Shobijin y las larvas de Mothra regresan a la Isla Infante.