[2]​[3]​ Su hermano mayor, José Fernández Mondoño, fue el primer edil de Tulancingo en 1869.

Entre 1862 y 1867, nuevamente se retiró de la política en protesta del Segundo Imperio Mexicano.

El periódico El Tiempo, destacó que el exabrupto sorprendió hasta a sus mismos compañeros diputados, siendo bien conocido el carácter tenue y dignificado de Justino Fernández Mondoño.

[6]​ Porfirio Díaz le reconoció las aptitudes, que en 1884 se había convertido en su tío político, al contraer matrimonio con Carmen Romero Rubio y Castelló, sobrina política de Fernández Mondoño.

Sin embargo, el nombramiento resultó beneficioso para los otros integrantes del Gabinete de Porfirio Díaz, pues representó ideologías moderadas que eran aceptables para Los Científicos, y no objetadas por los miembros más liberales del gabinete.

[7]​ Durante su gestión en las secretarías, se convirtió en un cercando consejero del presidente Díaz.

Esto no molestó a los otros secretarios de estado; por el contrario, su edad previno cualquier ambición política futura de su parte, y al no pertenecer propiamente a ningún bando de las distintas facciones del gabinete, actuó en varias ocasiones como intermediario entre el presidente y los otros secretarios.

[8]​[9]​ Si bien mantuvo relaciones cordiales con la mayoría del gabinete presidencial, no fue siempre así con su subsecretario Justo Sierra.

Fue el segundo de nueve hermanos; contrajo matrimonio con Francisca Castelló y Rivas (1841-1888), en 1868.

Juntos tuvieron ocho hijos que sobrevivieron la niñez: Alonso, Justino, Adela, Francisco, Luis, José Manuel, Enrique y Alfredo.