Cursó sus primeros estudios en el Colegio Francés de la Perpetua, casi al terminar la Revolución mexicana, viajó a los Estados Unidos en donde residió de 1920 a 1923.

[3]​ En 1932, junto con O'Gorman, fundó la editorial Alcancía la cual funcionó hasta 1959.

En 1954, obtuvo un doctorado en Filosofía con la tesis Coatilcue: estética del arte indígena antiguo.

[4]​ Al morir Toussaint en 1955, Justino Fernández fue designado director del Instituto y desempeñó el cargo hasta 1968.

[5]​ En 1969 fue nombrado investigador emérito por el Consejo Universitario, ese mismo año fue ganador del Premio Nacional de Lingüística y Literatura.