En 2000 fue nombrado Mejor Director Eslovaco del siglo XX por críticos de cine y periodistas.

[2]​ Antes de entrar en la industria cinematográfica, Jakubisko estudió fotografía en Bratislava,[2]​ y trabajó para la televisión en Košice.

[2]​ Se graduó en 1965 y comenzó a trabajar para Alfréd Radok en el teatro Laterna Magika de Prague.

Regresó al mundo del largometraje en 1979 con Build a House, Plant a Tree (en eslovaco: Postav dom, zasaď strom), que sin embargo estuvo prohibido por sus mensajes contra el régimen, pero no sin antes recibir una acogida positiva en un festival de cine en Ámsterdam.

[2]​ Su reconocimiento en Ámsterdam recobró el interés por el trabajo de Jakubisko,[2]​ empezando un periodo fértil, culminando en 1983 con la épica La abeja milenaria (en eslovaco: Tisícročná včela).

[2]​ En 1990, enseñó su faceta de terror surrealista con See You In Hell, My Friends, un guion que había sido censurado por los censores comunistas durante 20 años.

[2]​ En 1998, Jakubisko se unió a la Academia de Cine Europeo y también fue galardonado con el Premio Maverick por la Taos Talking Pictures Film Festival.

[2]​ En el 2000, fue nombrado el Mejor Director Eslovaco del siglo XX por los escritores cinematográficos y ganó el Sello de Oro en Belgrado por su contribución al cine mundial.