Elegido intendente por el Movimiento Patagónico Popular, entonces dirigido por su predecesor Julio Rodolfo Salto, ligado a nivel provincial a la coalición Frente para el Cambio con el Partido Justicialista, Arriaga desertó al Frente Grande el 10 de marzo de 2000, durante su segundo mandato.

Previamente, en 1999, había mantenido un acercamiento con el gobernador radical Pablo Verani al desdoblar los comicios municipales de los gubernativos, facilitando el triunfo del oficialismo en un municipio que le era hostil.

[2]​ A partir de 2003 se inclinó por el peronismo kirchnerista, siendo candidato del Frente para la Victoria a diputado nacional y resultando electo por el período 2005-2009, y posteriormente a vicegobernador en fórmula con Miguel Ángel Pichetto, con un discurso duramente crítico con el radicalismo kirchnerista gobernante, afirmando que se habría presentado separadamente si el gobierno de Néstor Kirchner hubiese pactado un acuerdo con el gobernador Miguel Saiz, a cuyo gobierno calificó de «inútil, corrupto y mediocre».

[3]​ Pese a lo anterior, cuatro años más tarde, aceptó presentarse como candidato a vicegobernador junto al postulante radical César Barbeito, binomio que resultó también derrotado.

[4]​ A finales de la década de 2000 afirmó haberse distanciado del kirchnerismo y encontrarse más ligado al espacio político del peronismo no kirchnerista, conducido por figuras como el exgobernador bonaerense Felipe Solá.