En Nápoles permaneció durante 10 años en la abadía real de Santa Clara.
En 1590 escribe a su primo Alejandro Farnesio para que interceda ante el rey y este le conceda un cambio de residencia.
Finalmente en 1602 la propia Juana escribe una carta a Felipe III en que le ruega una cierta independencia económica que le permita no depender del virrey de Nápoles en todo.
[7] Así mismo se produjeron obras poéticas en ocasión del enlace.
[7] El matrimonio tendrá tres hijas de las que sólo una, Margarita llegará a la edad adulta.