[1]​ Juana Avellaneda se inició en el ámbito político como miembro de Cambio 90, movimiento político liderado por Alberto Fujimori con el que postulaba a la presidencia del Perú en las elecciones generales del año 1990.

Tras esto, Avellaneda formó parte de la oposición al régimen y junto con los demás diputados manifestaron su rechazo hacia la medida.

Luego del golpe de estado, Fujimori decidió convocar a elecciones para el Congreso Constituyente Democrático, Avellaneda postuló por el partido Solidaridad y Democracia (SODE), sin embargo, no resultó elegida.

Intentó nuevamente volver al Congreso en las elecciones de 1995 como miembro de Unión por el Perú y en las elecciones del año 2000 por el partido Perú Posible, ambas ocasiones sin éxito.

Se afilió al partido Reconstrucción Democrática y luego fue candidata como segunda vicepresidenta en la plancha presidencial de José Cardo Guarderas en las elecciones del 2006 no obteniendo altos resultados.