Fue hijo del margrave Federico I de Brandeburgo-Ansbach y de su esposa, Sofía Jagellón.
El 17 de junio de 1519 se casó con Germana de Foix (1490-1538), segunda esposa y viuda del rey Fernando II de Aragón.
En 1523, el nieto de Fernando el Católico, Carlos I, la nombró virreina y lugarteniente general de Valencia y al margrave de Brandeburgo, capitán general del reino.
El matrimonio no tuvo hijos.
En 1516, Juan fue nombrado caballero de la Orden del Toisón de Oro.