Hijo de un pintor también, su padre le introdujo en el arte donde Barroeta se sumergió con facilidad.

En su ciudad natal fue pronto reconocido como un gran artista y buena parte de la burguesía vasca lo llamó para que les retratase, llegando a pintar al rey Alfonso XII durante un verano en San Sebastián y a numerosos personajes vizcaínos de la época como Domingo Epalza Larraondo y su esposa Encarnación de Palacio Muruaga; a Casilda de Iturrízar, Vda de Epalza; a Fidel Sagarmínaga; a los Sres Zayas, Achúcarro, Ampuero, Amann, Ybarra, Osante, Novia de Salcedo, Villabaso, de la Sota y otros muchos miembros de la alta burguesía vizcaína.

Participó también Juan de Barroeta en la convulsa vida política del país, vinculado al liberalismo, llegando a combatir durante el tercer sitio de Bilbao como defensor de la ciudad en la guerra Carlista.

Destaca por su pintura realista y la sobriedad de los colores, acercándose al arte fotográfico.

No obstante se puede apreciar su obra en el Museo de Bellas Artes de Bilbao y en el Museo del Prado.