Después de Álvaro García Linera, Quintana fue considerado junto a Carlos Romero Bonifaz como uno de los personajes más fuertes dentro del movimiento político MAS,[1]​ a tal punto que muchos sectores afines a Morales pidieron el retorno de Quintana al gabinete ministerial como refuerzo para la campaña electoral.

Pero ese mismo año, Quintana decide retirarse definitivamente del Ejército de Bolivia.

[9]​ También se ha llegado a constatar que Quintana fue entrenado en Estados Unidos, al menos en 3 ocasiones.

El Servicio Militar en Bolivia; y entre 2002 – 2003 con la investigación Policía y democracia en Bolivia: Una agenda institucional pendiente, Programa de Investigación Estratégica en Bolivia la cual fue trabajada con varias amistades como Daniel Atahuichi Quispe, quien seria su empleado por más de 10 años, Rosario Pérez Ponce; y su secretario -hasta 2016-, René Pucho Alejo.

Entre los datos que revelan algunos detalles de la vida de Juan Ramón Quintana están la carta del exmilitar Ismael Schabib Montero, "Usted Juan Ramón Quintana",[14]​ la Carta del difunto exministro de Hugo Banzer, Fernando Kieffer[15]​ y el analista internacional Douglas Farah, quien lo ha vinculado amplia y documentadamente a Quintana con el "crimen organizado".

Entre sus viejos aliados regionales en el Oriente boliviano se encontraban: Jessica Jordan, excandidata a gobernadora en Beni;[19]​[20]​ Álex Ferrier, exgobernador del Beni[cita requerida]; Rafael Bandeira, exgobernador en Pando; Luis Flores y la empresaria beniana, Eva Humerez;[21]​ Andrés Salari, propagandista y documentalista del MAS hasta 2018,[22]​[23]​[24]​ Gabriela Reyes Rodas (cercana asesora de Hugo Moldiz en temas relacionados con narcotráfico).

[25]​[26]​ También es destacable que de ese periodo de tiempo hayan surgido acusaciones, en las cuales se vincula a Quintana con el narcotráfico,[27]​[28]​[29]​ esto debido a sus vínculos con la narcotraficante, Mayerling Castedo.

Severas discrepancias respecto al manejo de la información —entre el periodista que postulaba la Autonomía Informativa en el ejericio del periodismo y el ex militar que propugnaba una prensa como instrumento de propaganda política—, causaron una irreconciliable ruptura entre ambos.

[73]​ Posteriormente, el periodista se refugió en Brasil, "para preservar mi vida y mi libertad", dijo, denunciando que Quintana pretendía forzar su encarcelamiento que ponía en riesgo su integridad física.

[74]​ El Ministro no hizo declaración pública para explicar los motivos legales de su querella contra el periodista.

Para ello fue importante la colaboración de la Primera Secretaria, [109]​[110]​ (control de propaganda y quien más tarde revelaria datos sobre Quintana a grupos opositores[cita requerida]); Cónsul Jessica Mamani[111]​[112]​[110]​ y la Ministra Consejera Alidson Gómez Agostopa[113]​[114]​[115]​ (hija del ex-ministro del trabajo, Milton Gómez M.) para coordinación con médicos y súbditos cubanos -según fuentes internas del Ministerio de Relaciones Exteriores-.

[135]​ Debido a la carga ideológica del gobierno del MAS, Quintana creó grupos Antiimperialistas, los cuales habría desarrollado una campaña de contra-información y desinformación, entre sus miembros: Raúl Reyes Zarate, el literato Alfonso Murillo Patiño[136]​ (también conocido como: Eliseo Cabral) y el politólogo Axel Arias Jordán,[137]​[138]​ quienes habría dirigido un grupo de docentes anti-imperialistas[cita requerida] junto a la politóloga del MAS, Helena Argirakis en Santa Cruz[139]​[140]​ para formación de cuadros políticos simpatizantes al MAS dentro de los mandos militares que requerían el curso para ascenso de tenientes efectivos a capitanes y sargentos.

Junto a Juan Ramón Quintana,[175]​ Rafael Quispe anunció que se encuentran también denunciados por los mismos delitos el exministro de economía Luis Arce Catacora[176]​ y el exministro de gobierno Carlos Romero Bonifaz.

[188]​ Aun desde el refugio otorgado por la residencia diplomática de México y como se ha denunciado en redes sociales, Juan Ramón Quintana estaría escribiendo artículos de crítica -desde noviembre- bajo el seudónimo de "Ernesto Eterno y Ernesto Reyes" en referencia al guerrillero comunista Ernesto "Che" Guevara -de quien es admirador- para páginas como, La Haine, Alainet,[189]​ Cuba Socialista,[190]​ La Época y otros de tinte político ultra-izquierdista.

[cita requerida] En agosto de 2020 representantes militares del servicio pasivo, Sof.

[210]​ Recientemente la Procuraduría del Estado ha solicitado a la fiscalía boliviana que impute a Juan Ramón Quintana por el fraude electoral, bajo los cargos de: manipulación informática en procesos electorales, alteración y ocultación de resultados electorales, falsedad material e ideológica y uso indebido de influencias.

Esto, tras las investigaciones, pruebas e indicios que lo señalan como uno de los autores principales, junto a Álvaro García Linera, Héctor Zaconeta y Evo Morales Ayma.