Derrocado el gobierno de Ignacio Andrade, Peñaloza salió al exilio en Colombia.

Se opuso al plan propuesto por Luciano Mendoza de ofrecerle batalla a las tropas del gobierno castrista sitiadas en La Victoria, actitud que generó desavenencias con el general Manuel Antonio Matos y la derrota militar.

Desde Cúcuta, dirigió varios alzamientos contra el gobierno de Eustoquio Gómez presidente del Estado Tachira.

Durante la Guerra de los 30 Dias, el general Peñaloza se atrincheró en Pregonero con los famosos «Montoneros», entre ellos Pedro Molina, Ángel María Salcedo, Melitón Mora y Baldovino Sánchez, por lo que Peñaloza no pudo ser capturado por las tropas gomecistas.

Esto unido a otros incidentes causó la emigración a Colombia por parte de más de 20.000 tachirenses; pero que también con el tiempo produjo su remoción del cargo al no lograr el objetivo.