El crimen fue adjudicado al general Eustoquio Gómez, lo que significó varios años de prisión en La Rotunda.

Sin embargo, al poco tiempo sus abusos en el trato dado a los prisioneros del castillo provocan un levantamiento general que lo obliga a refugiarse en Maracaibo (1909).

Unos de sus enemigos más acérrimos fue el General Juan Pablo Peñaloza, quien se atrincheró en Pregonero entre 1917 y 1921 con los famosos «Montoneros», entre ellos Pedro Molina, Ángel María Salcedo, Melitón Mora y Baldovino Sánchez, gente de Queniquea, por lo que Peñaloza no pudo ser por Eustoquio Gómez.

Esto unido a otros incidentes causó la emigración a Colombia por parte de más de 20.000 tachirenses; pero que también con el tiempo produjo su remoción del cargo.

Al parecer temían que fuese a reclamar el poder dejado por su primo el General Juan Vicente Gómez.

Declaraciones oficiales le acusan de querer tomar la Gobernación de Caracas a la fuerza, pero su hijo Eustoquio Gómez Villamizar, declaró que este solo fue a saludar al Gobernador y allí fue muerto por la confusión que reinaba ante la caída del régimen gomecista.