En ese momento el maestro Bueno solicitó la obtención oficial del magisterio, pero se dejó pasar el tiempo sin una respuesta.

Finalmente, en 1803 la Real Audiencia dio la razón al maestro, por lo que el cabildo lo readmitió, pero solo en calidad de tenor del coro.

Sin embargo, vistos sus valores profesionales, el cabillo volvió a entregarle el magisterio, pero siempre de forma interina.

[2]​ En 1808 las tropas francesas invadían España y nombraban a José Bonaparte.

Por ejemplo, a Juan José Bueno se le aumentó el salario de cuatro y seis reales diarios, ya que ocupaba los cargos de tiple y contralto.

[2]​ Tras el fallecimiento del maestro y con la guerra finalizada, se convocaron oposiciones para buscar a un candidato que uniese los cargos de organista y maestro te capilla, que encontraron en Francisco Bernal.