Durante ese período y bajo su dirección se iniciaron las obras del acueducto México-Cuajimalpa.[1] En diciembre de 1803 participó en la inauguración del monumento ecuestre dedicado a Carlos IV conocido como El Caballito.Tras acalorados debates, ambas facciones coincidieron en respetar como soberano a Fernando VII.[5] Las reuniones continuaron y los criollos propusieron, como segunda etapa, establecer un Congreso formado por diversos representantes del pueblo.Los españoles peninsulares se opusieron a esta idea y temieron que el virrey pretendiese proclamarse rey de la colonia.[6] Azcárate fue conducido a la cárcel del Arzobispado, y poco después trasladado al convento de Betlemitas.Este precedente causó una inconformidad en la población criolla de ideología liberal.Desde su celda, se pronunció en contra del método, realizó diversos escritos enérgicos criticando a los insurgentes.[11] El documento contemplaba, en su primer capítulo, un plan para entablar relaciones de comercio y amistad con las "naciones de indios bárbaros", que en aquel entonces habitaban la zona septentrional: apaches, comanches, lipanes, etc.Manifestó que era necesario conservarlas por su importancia, pues las consideraba tierras fértiles y ricas en metales.[1] Tras la desparición del Primer Imperio Mexicano, Azcárate ocupó diversos cargos con los nuevos gobiernos.
Como regidor, Azcárate y Lezama participó en la inauguración del monumento a Carlos IV.
