No hay que confundirlo con su hijo, el bibliógrafo Eugenio Hartzenbusch e Hiriart.

En 1815 la familia regresó a Madrid; allí el padre creó un nuevo taller de ebanistería.

Juan Eugenio se preparó para tomar los hábitos estudiando con los jesuitas en el Colegio de San Isidro (1818-1822), aprendiendo latín, francés y humanidades, pero, al carecer de vocación religiosa, prefirió continuar con la actividad del padre.

Se cuenta que empleaba sus ahorrillos para comprar libros y asistir al teatro.

Por enfermedad del padre y confiscación de sus bienes a raíz de su participación en los sucesos del Trienio Liberal (1820-1823), el muchacho tuvo que trabajar en talleres ajenos, logrando por un esfuerzo admirable de su voluntad abrirse paso a una educación superior y triunfar en una sociedad cerrada a tales milagros.

Se casó muy joven (1820) con María Morgue, que murió muy pronto, y volvió a contraer matrimonio con Salvadora Hiriart.

Entretanto Don Rodrigo de Azagra, poderoso pretendiente de Isabel, trata de casarse pronto con ella utilizando como chantaje unas cartas comprometedoras para la madre de Isabel; se acuerda al fin el matrimonio entre Isabel y Azagra, pero Diego consigue al fin la libertad y corre a Teruel, en cuyas cercanías unos bandoleros convenidos con Zulima lo detienen mientras se celebra la ceremonia religiosa del casamiento entre Isabel y Azagra; al fin logra llegar a Teruel y se presenta a su novia, la cual, para alejarlo, dice que ya no le ama; Marcilla muere a efectos de tan rudo golpe e Isabel, desplomándose sobre su cadáver, expira también.

Su caudaloso e importante epistolario, depositado en la Biblioteca Nacional de España, está aún por editar.