Hijo de José Benayas y Benayas y nieto del político Manuel Benayas Portocarrero, sus dos hermanos llamados Ángel y Alberto murieron tras ser víctimas de la Represión en la zona republicana durante la Guerra Civil Española.
Licenciado en Derecho, comenzó a trabajar como abogado en Madrid, y más tarde fue Decano del Colegio de Registradores.
Juan José, entró en política siendo miembro del Derecha Liberal Republicana, liderado por Niceto Alcalá-Zamora.
Juan José Benayas era perteneciente a la burguesía terrateniente proveniente de familia.
Casado con Dolores Agulló Soler en Madrid el día 5 de septiembre del año 1933, tuvieron cuatro hijos: (Alicia, Jaime, Mercedes y Dolores).