En 1937 López Contreras decreta su expulsión en una lista de 47 dirigentes políticos de izquierda, entre ellos Rómulo Betancourt, Raúl Leoni, Miguel Acosta Saignes, Rodolfo Quintero, Gonzalo Barrios, Carlos Alberto D'Ascoli, Carlos Augusto León, José Antonio Mayobre, Jóvito Villalba, Gustavo Machado, Augusto Malavé Villalba y Hernani Portocarrero.

[1]​ Fue elegido secretario general del Partido Comunista por la Primera Conferencia Nacional reunida clandestinamente en Maracay, en agosto de ese mismo año.

También se enfrentó a la política reformista del partido Acción Democrática (AD) dirigido por Rómulo Betancourt y respaldado por el capital estadounidense invertido en Venezuela.

La dirección que comprometió al PCV en la alianza con AD, compuesta por Pompeyo Márquez, Gustavo Machado y otros, resolvió expulsar a Fuenmayor en abril de 1951.

A su regreso en 1958 se dedicó a la docencia e investigación en la Universidad Santa María y publica diversos libros sobre economía, política, filosofía del derecho y veinte tomos de Historia de la Venezuela Política Contemporánea, donde analiza los acontecimientos en los cuales participó.