Viajando por mar durante 28 días en tercera clase y pasando un mes en Cuba, finalmente se trasladaron a Ciudad de México.Empezó coleccionando a sus 20 años; primero, impresiones baratas de pinturas del paisaje mexicano, ya que en ese entonces él y su esposa no tenían mucho dinero.El siglo XX, no queda atrás, estando representados desde españoles como Pablo Picasso, Joan Miró, Julio Romero de Torres, Joaquín Sorolla, Ignacio Zuloaga, Eduardo Arroyo, Antonio López, Rafael Canogar, Juan Genovés, Manolo Valdés y Miquel Barceló hasta grandes figuras extranjeras como Edvard Munch, Kandinsky, Raoul Dufy, Georges Braque, Fernand Léger, Oskar Kokoschka, René Magritte, Paul Delvaux, Giorgio de Chirico, Marc Chagall, Tamara de Lempicka, Willem de Kooning, Mark Rothko, Jackson Pollock, Andy Warhol, Alex Katz, Anish Kapoor, Joan Mitchell, Takashi Murakami, Yoshitomo Nara...La colección permanente del museo se almacenó para permitir que los trabajos colgaran en toda la casa.[7] Pérez Simón estuvo casado con Josefina Carrera, separado hace más de 20 años, con la que tuvo una hija, María José; y dos nietos.[1] Tras su separación, mantuvo una relación sentimental durante trece años con Silvia Gómez-Cuétara, heredera del imperio de galletas Cuétara.