Anteriormente se desempeñó como último embajador cubano ante la Unión Soviética.
[2] Se unió al ejército rebelde dirigido por Fidel Castro que derrocó a Fulgencio Batista en la Revolución cubana,[2] sirviendo como soldado-médico mientras el grupo luchaba en la Sierra Maestra.
Posteriormente se convirtió en primer secretario en Santiago de Cuba, ejerciendo ese cargo desde 1976 hasta 1985.
[11] Por su formación en medicina, Balaguer fue nombrado Ministro de Salud Pública en 2004.
En consecuencia, Balaguer aprobó la creación de una comisión para investigar las circunstancias que llevaron a las muertes.
Aunque varios médicos y funcionarios relacionados con el hospital fueron encarcelados, el propio Balaguer escapó a la censura pública.