Sin embargo, fue a partir de ese momento cuando comenzó la resistencia.
Estimulados por las llamadas de Palafox y los implacables y resueltos patriotas que lideraban al pueblo, los habitantes decidieron resistir metro a metro la toma de los barrios que quedaban en su poder.
La lucha, que se extendió nueve días más, resultó en la retirada de las tropas francesas el 14 de agosto, tras un asedio que había durado 61 días en total.
Palafox intentó aprovechar la situación y realizó una corta campaña a campo abierto.
Zaragoza sufrió un segundo asedio todavía más memorable que el primero.
El asedio terminó tras dos meses con la caída de Zaragoza en manos francesas.
La ciudad había caído por cese de resistencia, ya que se encontraba en ruinas y la lucha y las enfermedades, sobre todo el tifus, habían reducido a menos de la mitad a la población.
El general fue hecho prisionero y enviado a Vincennes por haber jurado fidelidad a José Bonaparte y haberlo traicionado.
Cesado en el cargo (le sustituye su propio hermano Luis), se le encomienda el mando del ejército del centro y al disolverse este pasa a Madrid apartado de la vida oficial.