Juan Nicolás contrajo matrimonio con Juliana Mixon y San Carlos.
Es así como en 1794 Juan Nicolás y su hermana María de Rosario se establecen con sus tíos en León, Nicaragua.
Con un manifiesto de Gaínza algunos departamentos centroamericanos apoyaron la anexión y otros la rechazaron.
En San Salvador hubo escisiones, pues en tanto que las villas de Santa Ana y San Miguel aceptaron la anexión al Imperio Mexicano, el gobierno de San Salvador, dirigido por Manuel José de Arce y Fagoaga, la rechazaron.
Para hacer efectivo su rechazo, tropas de San Salvador, al mando del General Arce, pasaron a Santa Ana, para que aquella villa obedeciese al gobierno de San Salvador.