Perteneciente al partido conservador Unión Liberal,[1]​ desempeñó el cargo de diputado por Durango en seis legislaturas.

En dicha casa, alquilada a su propietario, estuvieron emplazadas las oficinas de la sociedad Sota y Aznar.

Aunque ajeno a una dedicación propiamente profesional, destacó por sus profundos conocimientos de la legislación foral vasca, por lo que fue requerido por la Diputación de Vizcaya para cooperar en las negociaciones que precedieron a la renovación del concierto económico en 1894.

En ellas narraba la historia de Irlanda y Hungría, que guardaban numerosas analogías con la situación vivida en España.

Integró la candidatura que conjuntamente presentaron dicho comité y la sociedad fuerista Euskalerria,[6]​ resultando elegido con 167 votos en el distrito de San Nicolás.

De los dieciséis concejales electos, doce representaban a dicha alianza, siendo republicanos los cuatro restantes.

Dada su acomodada posición económica, intervino en la creación de nuevas sociedades industriales vinculadas especialmente a la cuenca alta del Ibaizabal.

Desde otra óptica, defendió las antiguas libertades vascas en los momentos de su derogación, como así lo dejó entrever en sus Cartas irlandesas y húngaras (1881), profesando más tarde un regionalismo que puso de manifiesto en su apoyo a los derechos que conservaban las provincias vascongadas, como lo era el concierto económico, a sus costumbres y tradiciones.

Al igual que otros destacados miembros de la burguesía bilbaína, como lo fueron Víctor Chávarri y Pablo Alzola, José María Lizana estuvo vinculado al movimiento proteccionista de la industria regional y nacional.

Pese a que no formó parte de su junta directiva, secundó desde Madrid sus actuaciones.

En 1899, siendo senador, tomó la palabra para exponer las circunstancias vividas en Vizcaya durante las elecciones de parlamentarios, en las cuales se habían cometido terribles atropellos y escándalos que dio a conocer al Senado (falsificaciones, detenciones arbitrarias, homicidio), así como para pedir explicaciones sobre la destitución del alcalde de Durango, Juan Igartua, quien por primera vez había elevado un mensaje de adhesión a Alfonso XIII.

En definitiva, fueron sus palabras una crítica a la política del gobierno de Sagasta en Vizcaya, que no conducía, en su opinión, sino al triunfo del separatismo, como había quedado demostrado en las elecciones provinciales celebradas en septiembre de 1898, cuando resultó elegido, ocupando el segundo lugar, un candidato nacionalista con programa claramente “separatista de separatismo y odio a España” (22-2-1899).

Por ello, las palabras de regionalismo y vida local, que tanto se habían repetido en aquel debate del Congreso, sonaban agradables a los oídos vascongados.

En dicho homenaje póstumo, tomaron la palabra el diputado provincial José Urizar, en nombre de la juventud conservadora de Bilbao; Ramón San Pelayo, diputado provincial por Durango que elogió las labores de José María Lizana en las Cortes; Pablo Alzola, quien analizó su obra, y Fernando María Ibarra, diputado en Cortes y fundador del partido conservador (1909).