Los dos Iñakis abandonaron el Seminario, pero Rapel y José Mari continuaron juntos tanto su vocación sacerdotal como su dedicación al arte, desde finales de los años 1950, y llegaron a formar un tándem con una gran sintonía tanto en ideas como en criterios estéticos.

[2]​ Se ordenó sacerdote en Derio en 1957 y su primer destino pastoral fue Otxaran (Zalla).

Simultaneó su entrega pastoral a la gente, que para él era algo fundamental, con su dedicación al arte.

Maneja un estilo expresionista, con formas simplificadas próximas a la abstracción, resaltan las figuras estilizadas con oquedades y una composición geométrica.

Los tonos se reducen: gris sobre fondo oscuro, amarillos terrosos, blancos para las luces.

Asumía la temática religiosa, cuando se le solicita, pero no de una manera rancia.

Este estilo se ve, sobre todo, en sus carteles, que recuerdan al historietista francés Philippe Druillet.

No llegaron a realizarse los murales, pero se terminaron colocando en el templo unas fotografías ampliadas de los bocetos.

Por ejemplo, sus obras ecuatorianas pueden calificarse de proféticas: no sólo pinta la realidad sino lo que va a suceder.

Es una experiencia recomendable estar en la playa de San Vicente, junto a la inmensidad del mar y situarse frente al gran mural de la naturaleza, que canta: “Mares, ríos y montes, bendecid al Señor”.

Pero en realidad, las explicaciones del vitral, ni siquiera las fotos, valen mucho, ante la contemplación directa de semejante obra maestra, porque a la belleza profunda del diseño de Muñoz (comentaba que lo hizo sabiendo que iba a ser Romarategui el realizador y podía proponerle un desafío extraordinario de ejecución) se une la perfección de la obra de Romarategui, que trabajó cada vidrio, cada arista, creando efectos e irisaciones, que se descubren, sobre todo, cuando se contempla el vitral en el crepúsculo del amanecer o del atardecer.

En esta obra, además de mostrar su profunda experiencia artística, Muñoz asumió mucho del estilo latinoamericano.