En 1935 publica Literatura oral euskérica en la colección Zabalkundea y traduce al dialecto guipuzcoano obras originales en dialecto laburdino de Barbier y Larzabal Akillomendi.

Martín Lekuona también era cura, siendo uno de 16 sacerdotes católicos vascos que fueron asesinados por el bando nacional por el hecho de ser militantes o simpatizantes del nacionalismo vasco.

[2]​ Por todos estos hechos en un momento dado, a principios de diciembre de 1936, Lekuona sintíó peligrar su propia vida al llegar a sus oídos que ciertas personas que se habían significado practicando detenciones en los meses anteriores, habían pasado por el seminario de Vitoria preguntando por él.

La estancia en el Convento de Lasarte se prolongó casi 4 años y medio.

Al regularizar su situación con las autoridades civiles y eclesiásticas, fue readmitido para el ejercicio del sacerdocio, pero con la obligación de aceptar un destino fuera del País Vasco, un destierro como castigo por sus posturas idiológicas.

Colabora en la revista Egan con poesías como: En 1956 vuelve a Andoáin, donde es acogido por las Jesuitinas y donde permanecería hasta 1975.

Publica dos trabajos metodológicos de gran importancia en la investigación: Colabora en el Boletín de la Real Sociedad Bascongada de Amigos del País con varios artículos, para reaparecer en la revista Egan con Jesusen jaiotza edertian, Romanikoa Gipuzkoan y Orixeren Euskaltzaindia sartzea.