Después de haber realizado algunas campañas fue asignado comandante interino del cantón de Tlalpujahua, mientras que su hermano Ramón realizaba campañas en Guanajuato e Ignacio se trasladaba a Huichapan.

Al verse amenazado por las fuerzas realistas se dirigió a Tierra Caliente estableciéndose en Huetamo.

Estuvo en cautiverio en Patambo, lugar al que también fue conducido su hermano por Nicolás Bravo y José Sixto Verduzco.

Para entonces, José María había perdido la razón, gracias a la intervención de sus hermanos Ramón y Rafael se le hizo efectivo el indulto del Cóporo.

[3]​ Una vez consumada la independencia de México y habiendo quedado viudo, decidió ordenarse sacerdote.