Cuando se produjo el distanciamiento entre José María Liceaga y su hermano Ignacio viajó a Tlalpujahua para recibir instrucciones de éste, quien consintió que el doctor José María Cos llevase a cabo la mediación entre los miembros de la Junta.

Rafael continuó su campaña militar en contra de las partidas realistas, en ocasiones fue obligado a internarse en la sierra.

Un mes más tarde viajó en compañía de sus hermanos Ramón y Francisco para conferenciar con Licéaga, pero en su trayecto fue derrotado en Salvatierra por el ejército realista comandado por Agustín de Iturbide.

En contraste, el 5 de noviembre derrotó al capitán Gallardo en la hacienda de San Antonio, logrando obtener doscientos caballos, un cañón y cincuenta y dos fusiles.

Cuando la fortaleza cayó finalmente en manos de los realistas a finales de 1817, Rafael se encontraba en Tancítaro, fue aprehendido por el comandante Vargas, pero su hermano Ramón lo ayudó a escapar.