En noviembre de 1930 el gobierno del almirante Juan Bautista Aznar-Cabañas lo nombró gobernador Civil de Barcelona, cargo que ejerció hasta la proclamación de la Segunda República Española el 14 de abril de 1931.El 1932 fue separado de la judicatura por haber colaborado con la dictadura de Primo de Rivera, pero parece que después volvió a ejercer, puesto que el junio del 1936 era el titular del Juzgado número 6 y como tal exculpó Justo Bueno Pérez del crimen de los hermanos Badia por carencia de pruebas.[3][4] Al estallar la guerra civil española, después de que tres de sus hijos, Fernando, Wenceslao y Carlos Márquez Azcárate -de 29, 22 y 16 años de edad, respectivamente- fueran secuestrados, torturados y asesinados en desconocida fecha de octubre de 1936, a primeros de noviembre de dicho año, perseguido y amenazado de muerte, consiguió huir de Barcelona y marchó a Burgos, donde fue nombrado por Decreto de 20 de septiembre de 1938 magistrado del Tribunal Supremo, ejerciendo sus funciones hasta su jubilación en la Sala Primera de lo Civil de dicho Tribunal.Habida cuenta las anteriores fechas, son inciertas las afirmaciones realizadas por Federico Vázquez Osuna, del Departamento de Historia Contemporánea de la Universidad de Barcelona, en su tesis " La Rebelión de sus Señorías", "que durante la guerra se reunía con los abogados de los acusados de espionaje y traición para que prepararan mejor la defensa, y que incluso sustraía los expedientes judiciales".[5] Su hijo, José Márquez Azcárate, fue Fiscal General del Tribunal Supremo y Jefe de la Secretaría Técnica hasta su jubilación en 1976.
El nuevo gobernador civil de Barcelona, señor Márquez Caballero, en su despacho particular momentos después de haber tomado posesión de su cargo. La Vanguardia, 29/11/1930.
