A lo largo de su gestión tuvo que enfrentar las rebeliones carapintadas del teniente coronel del Ejército Aldo Rico en 1987 y 1988 y la del coronel Mohamed Alí Seineldín en 1988.

También estaba al frente del Ministerio cuando el Movimiento Todos por la Patria (MTP) atacó el cuartel de La Tablada en 1989.

[1]​ Durante el gobierno del justicialista Carlos Menem (1989-1999), Jaunarena fue elegido diputado nacional por la provincia de Buenos Aires en 1993 y nuevamente en 1999.

[3]​ Siendo referente radical siguió afianzando su relación con el sector militar, uno de los gestos hacía ese sector fue la crítica que realizó al desmantelamiento llevado a cabo por Menem del plan del misil Cóndor.

En dicho libro, Jaunarena repasa su etapa como ministro y da algunas sugerencias para el sector de Defensa de la República Argentina.