Durante esos años, Borreguero pasó muchas dificultades, sobre todo tras el cierre del colegio en 1812.

En mayo de 1816 se le permitió trasladarse a Ciudad Rodrigo para tomar las órdenes menores como subdiácono.

Tras el fin del Trienio Liberal, Borreguero, que se implicó políticamente con los liberales constitucionalistas y fue presidente de la Sociedad Patrótica local, sufrió el proceso de depuración política y tuvo que dejar sus estudios en Salamanca.

Esto también se reflejó en las estrecheces que pasó la propia capilla por falta de presupuesto.

[2]​[1]​ Tras el Concordato de 1851, Isabel II nombró por real decreto a Borreguero para un beneficio capellanía vacante en la misma, «conservando sus actuales consideraciones y con la dotación que por el concordato le está asignada desde el primero de octubre» siguiente, por 6000 reales.

[2]​ Desde 1855 Borreguero había estado visitando regularmente los Baños de Ledesma, «por sus padecimientos», lo que indica una salud en decline.

[2]​ Como maestro interino, Borreguero comenzó a componer para las ocasiones litúrgicas, que fueron comentadas por Benito Ramón Losada en 1843, «actual Director de la Capilla, entre otras composiciones que acreditan su buen gusto, presentó un miserere de primer orden, cantado el Jueves Santo, que mereció altos elogios de los profesores, a los que hemos oído enumerar sus bellezas, calificándole de obra maestra y concluida con primor».