En 1940 la familia regresó a Barcelona, logrando terminar la construcción y hacer la inauguración en 1941, del que ahora es el Centro de Oftalmología Barraquer; José Ignacio continuó trabajando con su padre hasta 1953 cuando dejó a España para desarrollar sus ideas y su propio mundo oftalmológico.

Después de viajar por toda América como profesor invitado y como cirujano, decidió establecerse en Bogotá, Colombia.

José Ignacio, muy enamorado, contrae matrimonio con Inés Granados en 1985, madre de su quinto hijo José Ignacio Barraquer Granados (1965) oftalmólogo cirujano refractivo en "Clínica Barraquer de América".

En 1980 escribió su primer libro llamado Queratomileusis y Queratofaquia (1 volumen) en el que explica toda la investigación realizada a lo largo de su vida para lograr modificar la refracción corneal, sus hallazgos, las diferentes aproximaciones que ensayó, las bases matemáticas y geométricas, los instrumentos creados para ese fin, resultados de las técnicas de Queratomileusis y Queratofaquia en pacientes y las complicaciones que pudo observar.

El abuelo de José Ignacio era José Antonio Barraquer i Roviralta ( 1852-1924) pionero de la oftalmología moderna en España, notable histopatólogo y hermano de Lluis Barraquer i Roviralta (1855-1928) pionero en Neurología y el fundador en 1882 del primer departamento clínico de Neurología y Electro Terapia en España; Su hijo Lluis Barraquer Ferré (1887-1959) y su nieto Lluis Barraquer Bordas (1923-2010) fueron también neurólogos famosos