Su labor clínica, científica y docente estuvo centrada en la cirugía de la catarata y del glaucoma, cuyas innovaciones, en 1958, revolucionaron las técnicas quirúrgicas de la catarata del momento.

Asimismo, se encuentra entre los pioneros del mundo respecto a la inclusión de lentes intraoculares para corregir la miopía y, además, es reconocida internacionalmente su aportación a los trasplantes de córnea, pues la clínica que lleva su nombre es un centro de referencia mundial en esta especialidad.

Una de las principales líneas de investigación, que realizan en red con otros institutos extranjeros, es el remedio quirúrgico que permitirá sustituir el cristalino opacificado o con cataratas por un cristalino artificial que conserve las mismas funciones y posibilidades de acomodar la visión a cualquier distancia.

[4]​ En 2003 constituyó la Fundación Barraquer para canalizar la labor de responsabilidad social corporativa que se impulsaba desde el Centro.

Actualmente la Preside su hijo Rafael Ignacio Barraquer Compte, dando relevo a su hermana la doctora Elena Barraquer Compte.