[1]​ Sus hijos fueron: María Georgina Thompson Haedo casada con Federico Codas, Lidia Louisa Thompson Haedo y Thomas George Thompson Haedo, A partir del año 1848, el presidente del Paraguay, Carlos Antonio López, inició una apertura del sistema político, económico y tecnológico que había mantenido cerrado su antecesor, Gaspar Rodríguez de Francia.

[3]​ Ante la imposibilidad de atacar directamente Humaitá por tierra, los brasileños tomaron por asalto Curuzú, fortaleza cuyas obras defensivas estaban incompletas.

Periódicamente eran librados desde la posición defensiva brulotes incendiarios sobre los buques brasileños que se acercaran demasiado, al igual de minas sumergidas.

[6]​ En segundo lugar, Thompson fortificó un amplio campo ubicado entre Humaitá, Curupayty y el Fuerte de Curuzú.

[5]​ López abandonó esa línea defensiva y encargó a Thompson iniciar una nueva, mucho más cerca de Asunción, la capital.

[7]​ El comandante brasileño, Marqués de Caxias, decidió esquivar las posiciones defensivas paraguayas: los acorazados brasileños forzaron el paso de Angostura y las tropas esquivaron la línea del Piquisiry atravesando unos 25 km.

el Chaco, para reembarcarse al norte de Angostura y atacar las posiciones defensivas paraguayas desde la retaguardia.

[7]​ Los paraguayos levantaron un último cerco defensivo en torno a Lomas Valentinas, pero éste era demasiado precario, y el ejército paraguayo fue completamente destruido en la Batalla de Lomas Valentinas, del 27 de diciembre.

[5]​ A continuación, fuerzas argentinas atacaron Angostura, mientras la escuadra brasileña bombardeaba esa posición.

[6]​ Thompson hizo valer su condición de súbdito británico para ser puesto rápidamente en libertad y regresó a su país.

Afirma también Thompson que los dos López defendieron la memoria del dictador Francia, como forma de evitar ataques a su propio sistema absolutista.

En 1870 se dirigió a Córdoba, en la Argentina, donde fue nombrado Presidente del Departamento Topográfico, e hizo y publicó un mapa de la provincia.

Se casó con una dama paraguaya Francisca Antonia Haedo, con quien tuvo tres hijos.