Jonatan Josué Cisternas Fernández (Hualpén, Gran Concepción, Chile, 16 de junio de 1980) es un exfutbolista chileno.

Jugaba de mediocampista y su último equipo fue Palestino.

Fue ayudante técnico de Pablo Guede en Colo Colo.

Fue parte de la Selección Chilena durante la Copa América 2004 y además jugó dos partidos amistosos.