Con 13 años era el bajista del grupo de su iglesia, pero, entretanto, Benitez había iniciado ya su educación formal en la Escuela Libre de Música, donde estableció amistad con otro ilustre músico puertorriqueño, el saxofonista David Sánchez.
Con 16 años, ya graduado, Benitez inició su carrera profesional, efectuando giras por todo el país acompañando a algunos de los artistas más importantes de la salsa, como los puertorriqueños Roberto Roena o Lalo Rodríguez y el cubano Justo Betancourt.
Tras conocer a su esposa, Benitez decidió establecerse en el país por un año trabajando con Tanenbaum -otro puertorriqueño que se estableció en Colombia- en varios proyectos experimentales y grabaciones para artistas locales, antes de ser llamado por Willie Colón para iniciar, en 1993 una gira con su banda por los Estados Unidos.
En 2001, Benitez lanza el que hasta ahora ha sido su único disco en solitario, con el título Descarga En Nueva York, que, contando, con la colaboración del hijo de Ravi Coltrane (hijo del legendario saxofonista), obtuvo buenas críticas de la prensa especializada.
En la lista de artistas para los que John Benitez ha trabajado se encuentran Wynton Marsalis, Tito Puente, Michel Camilo, Dave Valentín, Eddie Palmieri, Bobby Watson, David Sánchez, Jeff "Tain" Watts, Roy Hargrove, Antonio Hart, Danilo Pérez, Kenny Kirkland, Chucho Valdés, Will Calhoun, Dave Samuels, Rubén Blades, Seis del Solar, Mongo Santamaría, Caribbean Jazz Project, Mingus Big Band, Kenny Kirkland, Antonio Hart, Mongo Santamaría, Tropijazz All Stars, Hilton Ruiz, William Cepeda, o Ray Barreto.