La familia buscó asilo en Alemania y finalmente se asentó en el puerto de Hamburgo, en donde fundaron el imperio comercial conocido como J.C.Bajo el liderazgo de Johann Cesar VI Godeffroy se establecieron puestos comerciales en La Habana (Cuba) y Valparaíso (Chile), y se construyó una flota mercante que en su punto máximo llegó a contar con 27 barcos.Entre ellos se encontraban las barcas "Johann Caesar", "Peter Godeffroy", "La Rochelle", "Wandram", "Suzanne", "Iserbrook" y la "Victoria".En 1857 tomó el control de la recientemente creada "L. R. Beit, Gold- und Silber-Affinerie", hoy en día Aurubis AG.También cerró otros acuerdos comerciales con "Tesdorf FJ & Son", "Elbhütte Affinir- und Handelsgesellschaft" y "Elb-Zuckersiederei" (refinerías de azúcar).Godeffroy se casó con Emily Hanbury (1815–1894), cuya familia tenía cercanos lazos comerciales con Livorno.Allí cerca, en un área conocida como Iserbrook, Godeffroy plantó extensos bosques en donde la burguesía hamburguesa, más notablemente Ernst Merck, William Henry O'Swald, Corad Hinrich Donner Johann Heinrich Schröder y Robert Miles Sloman se entretenían en un club de tenis.Los barcos nunca fueron asegurados y sus capitanes recibían una comisión del tres por ciento sobre la ganancia total de cada viaje.En ese momento, Godeffroy decidió que era necesario encontrar un lugar adecuado para la colección, para organizar e inventariarla y finalmente exhibirla al público.En 1860 Godeffroy escribió al Dr. Eduard Heinrich Graeffe (1833-1919) en Suiza para adquirir sus servicios para el establecimiento de un museo.El zoólogo suizo de 28 años aceptó y se embarcó en un tren rumbo a Hamburgo en 1861.Se mudó a Apia y dirigió las operaciones de Godeffroy allí durante la década siguiente, al mismo tiempo que recolecto espécimienes de Tahití, Fiyi, Tonga, Australia, Samoa y otras islas del Pacífico Sur.La compañía contrató más científicos que, trabajando en diferentes partes del Océano Pacífico, ayudaron a incrementar las posesiones del museo con su exitosa recolección de aves, mamíferos, peces, conchas, mariposas, escarabajos y otros insectos, plantas y objetos etnográficos.
