Influyeron notablemente en diversos grupos heterodoxos y heréticos, fundamentalmente en los franciscanos espirituales y en los fraticelli, que proponían una observancia más estricta de la Regla franciscana, así como en diversos grupos milenaristas a lo largo de la historia.Este profundo convencimiento se acrecienta en la meditación de la Sagrada Escritura, que interpreta llevando el método alegórico a las mayores y arbitrarias exageraciones».Por lo tanto, en el pensamiento joaquinista, la Iglesia católica era la ramera de Babilonia y el papa el mismo anticristo, pensamiento que sería recuperado por Lutero en la reforma protestante, y que condujo a una ruptura con el catolicismo.[2] Dante lo coloca entre santo Tomás de Aquino y san Buenaventura en el canto XII del Paraíso.[3] En tiempos más actuales el presidente de los Estados Unidos Barack Obama fue criticado por varios teólogos católicos cuando citó a Joaquín de Fiore en varias ocasiones durante su campaña presidencial.
