Después del diploma estudió dirección de orquesta, durante dos años, con Sergiu Celibidache.
Bělohlávek se convierte en director principal de la Orquesta Filarmónica Checa en 1990, pero, en 1991, la orquesta decidió reorganizarse y votó para confiar la dirección a Gerd Albrecht en substitución de Bělohlávek.
Bělohlávek había hecho las audiciones de músicos para la nueva orquesta, pero el ministerio retiró las financiaciones el año siguiente.
Sucesivamente llegaron las financiaciones privadas y fue el primer director musical de la nueva orquesta.
[4] Desde su debut en 1994, se exhibió en todo el mundo y efectuó diversas grabaciones discográficas.
En abril de 2012, Bělohlávek fue galardonado con la Orden del Imperio Británico "por méritos musicales".
Bělohlávek grabó para Supraphon, Chandos, Harmonia Mundi, Warner Classics, y Deutsche Grammophon.