Esta especie fue descrita originalmente en el año 2018 por el ictiólogo Pedro Fasura Amorim.
[1] Etimológicamente, el término genérico Jenynsia rinde honor al apellido del naturalista inglés Leonard Jenyns.
El epíteto específico darwini es un epónimo que refiere al apellido de la persona a quien fue dedicada, el naturalista inglés Charles Robert Darwin, quien fuera el primer científico en capturar ejemplares del género Jenynsia[1] durante su célebre viaje alrededor del mundo, a bordo del bergantín HMS Beagle.
Respecto a J. lineata también difiere al tener 26 sustituciones de nucleótidos en el gen mitocondrial citocromo c oxidasa I.
Esta especie convive en los mismos biotopos con otros dos Cyprinodontiformes: Phalloptychus januarius y Poecilia vivipara.