Era hijo del renombrado cerrajero Johann Josef Brunner, y comenzó a trabajar como aprendiz de su padre.

Trasladado a Basilea, trabajó durante tres años para un fabricante de balanzas mientras estudiaba matemáticas y dibujo por las noches.

Aunque esta circunstancia le impedía competir por los premios, presentó diferentes instrumentos astronómicos y ópticos, además de una regla diseñada para medir bases geodésicas, que servían tanto para determinar la dimensión de las triangulaciones geodésicas como para comprobar su precisión.

Esta comparación garantizó aún más la trazabilidad metrológica entre el metro y la toesa de París que se utilizaba como unidad geodésica en Prusia.

La regla creada por Jean Brunner se utilizó para medir la base geodésica central de España.