Tras retornar al Earthrealm, intenta advertir a sus superiores sobre el riesgo que le tocó enfrentar, no siendo escuchado.
Para el siguiente torneo (Mortal Kombat III), Jax no sólo se prepara físicamente, sino que a su vez desarrolla una nueva arma biotecnológica, consistente en dos brazos robóticos con los que revestirá sus miembros superiores y cambiará su apariencia por el resto de la historia.
Jax se convierte entonces en un sirviente de Kronika y pelea contra su propia hija.
La segunda vez que Jax pelea contra las fuerzas de Shao Kahn, él estaba preparado.
Jax comienza la división exploradora que aprende a abrir portales con la ciencia en vez de la magia.
Cuando Sonya desaparece mientras perseguía al último miembro del clan Dragón Negro, Jackson Briggs investiga su paradero.
Esta es una batalla que deben ganar o su mundo se derrumbara a manos de Shinnok.
Es el personaje principal de este juego, aunque la historia se desarrolla mucho antes del Mortal Kombat II, Jax posee sus característicos brazos biónicos, sus razones para combatir ahora es vengar la muerte de Teniente Sánchez a manos del Dragón Negro.
Con la ayuda de Raiden, Jax viajó al Mundo Exterior para ajustar cuentas con el traidor que ahora servía a la Alianza Mortal.
Cumpliendo su promesa, Jax finalmente alcanzó a Hsu Hao, y en venganza, le arrancó el implante de su pecho.
La brutalidad que tuve como peón de Onaga me asustó incluso a mí mismo.
Tras golpear una y otra vez a un Onaga moribundo, Jax resolvió el conflicto enterrándole un Kamidogu en la cabeza.
Jax combatió junto a los Guerreros de la Tierra contra la Alianza Mortal, siendo derrotado.
Enfurecido, Jax derrotó a Sektor y clamó el liderazgo de su clan ninja, los Tekunin.
Jax libera a Sonya y esta le informa que Kano ha hecho un trato con Shao Kahn para venderle armas.
Jax se recupera de las graves heridas que le causó Ermac gracias a dos brazos biónicos que le fueron implantados en las fuerzas especiales, preparándose para una inminente invasión a la Tierra de parte del Mundo Exterior.
Durante la emboscada de Sindel a la catedral en donde se refugiaban Raiden y los Guerreros, Jax es asesinado.
Jax había sido asesinado por Sindel durante la invasión de Shao Kahn y reanimado como un retornado por Quan Chi para servir a Shinnok.
Durante la invasión, Raiden, Sonya y Johnny Cage asaltaron la fortaleza del hechicero Quan Chi.
Raiden revirtió el hechizo del brujo para que los retornados salgan de su control.
Retirdo de las Fuerzas Especiales, Jax se refugió en una granja, junto con su esposa, Vera.
Tiempo después del nacimiento de su hija, Jacqui, Raiden le entregó una daga "Kamidogu" con la que había sellado a Shinnok para protegerla.
Ebrio y acabado, Jax se arrepiente de que su hija haya entrado a las Fuerzas Especiales, pensando que le arrebató la oportunidad de tener una vida normal, fuera del espectro militar.