Pero Kahn, frustrado por las constantes derrotas e intentos perdidos, comenzó un plan que data de 10.000 años atrás.
Abriendo un portal encima de la Tierra, Shao Kahn lentamente transforma el lugar en una parte del Outworld.
Durante el primer torneo, Sonya Blade desaparece mientras operaba la captura del Black Dragon y su némesis, Kano.
Al recibir una señal, Jax Briggs se embarca en un viaje dentro del Outworld para encontrarla, usando como medio el portal dimensional regresan a Earthrealm.
El último avance en la tecnología de Lin Kuei se da con la creación del primer asesino cibernético.
Pero Sub-Zero se rehúsa a tomar parte en esto y es perseguido para ser asesinado por su propio clan.
Solo en Ultimate Mortal Kombat 3, todos los ninjas masculinos también serían interpretados por John Turk (incluyendo a Noob Saibot, quien dejó de usar el sprite de Kano), mientras que las ninjas femeninas (Kitana, Mileena y Jade) fueron interpretadas por Becky Gable.