En el campo de batalla, Kahn mató al Rey Jerrod, y tomó a la Reina Sindel como su esposa para así legitimar su derecho al trono, criando a su hija, la Princesa Kitana, como si fuera su propia hija.
Sindel murió de forma misteriosa al poco tiempo, manteniendo Shao Kahn su alma en el Outworld.
De una u otra forma, Tsung convenció a Kahn, y este le restauró la juventud.
Shao Kahn ordenó el secuestro de Sonya Blade y junto con Kano los utilizó como cebo.
Habiendo fallado nuevamente al perder el falso torneo, Shang Tsung se aprontaba ahora sí a la ejecución por parte del Emperador, pero al contrario de esto a Tsung se le dio mucho más poder y juventud que nunca.
A Shao Kahn aún le quedaba un plan bajo la manga, la reina Sindel, cuya alma poseía Kahn, sería devuelta a la vida pero no en el Outworld, sino en la Tierra para así usarla como pretexto para poder invadirla sin que los Dioses Antiguos pudieran darse cuenta de que había quebrado las reglas de Mortal Kombat.
En el desenlace fueron Kung Lao y Liu Kang los que llegaron a enfrentarse al mismísimo Shao Kahn en su fortaleza.
Poco después de formada esta alianza, los hechiceros se dirigieron al salón del trono imperial y jurando falsa lealtad aparentemente lo mataron.
También se revela que Shao Kahn apareció ante un malherido Goro a quien reanimó con su poder, así recuperando de nuevo la lealtad.
Shao Kahn entró con su arrogancia de siempre y se dirigió hacia la "princesa", los magos se pusieron al frente para proteger a su princesa, pero ésta los mató por la espalda, sacándose el velo y haciendo reverencia dio la bienvenida a su maestro.
Este final y el de Taven son los únicos que se cumplen en MK:A, ya que todos los kombatientes potencian sus poderes asesinándose entre sí y dejando a Shao Kahn como vencedor supremo, siendo Raiden su último oponente.
Al igual que en la Trilogía original, Shao Kahn está ansioso por conquistar la Tierra esperando la victoria de sus guerreros en el Mortal Kombat, pero Goro y Shang Tsung son derrotados por Liu Kang .
El shaolin mostrando sus virtudes como guerrero derrota al emperador, pero este consigue levantarse y ataca a Kung Lao a traición, matándolo al romperle el cuello, lo que causa la ira de Liu Kang, quien lo desafía y derrota, hiriéndolo de gravedad.
Shao Kahn se convierte en un bebé con el casco y la armadura, mirando para todos lados descubre su sombra a la que insulta diciéndole "You Suck!!"(Apestas!!
Finalmente el emperador logra apresar al Osh Tekk, y se prestaba a ejecutarlo en el Koliseo, sin embargo; es interrumpido por Kitana quién iba a acompañada de Baraka, Sheeva, Erron Black y demás guerreros del Mundo Exterior que había reunido en una rebelión contra su padrastro.
Shao Kahn aparece como personaje DLC si preordenaste el juego Mortal Kombat 11.
Da varios tajos con su lanza de combate, para seguidamente estrellarlo contra el piso y empalarlo.
"Conquisté la historia al igual que los reinos, combinando millones de líneas temporales potenciales en una singularidad.
El universo se reestructuró a mi imagen y todo es lo que debe ser.
Shao Kahn aparece en MK: Shaolin Monks como el enemigo principal del juego, recapitulando los hechos del MK2, en el Shao Kahn dirige a sus enemigos de la Tierra hasta su arena de combate, donde tiene una pelea final contra los héroes Liu Kang y Kung Lao, siendo derrotado finalmente por Raiden quién lo convierte en piedra para ser remata por los jóvenes Shaolin.
Shao Kahn se enfuerce al ver que su aliado Quan Chi trata de abandonarlo y lo golpea fuertemente con su martillo, mientras raiden lo ataca mandándolo hacia el portal que había convocado el nigromante y seguido de una fuerte explosión desaparece.
Dicha explosión sucede al simultáneo con la que había provocado Superman al atacar a Darkseid quien también se disponía a escapar, provocando la fusión de ambos villanos en una entidad conocida como "Dark Kahn", quien figura como el villano principal del videojuego.
"Derrotado, Shao Kahn fue aprisionado en la Zona Fantasma, usada para mantener a peligrosos criminales kriptonianos por su habilidad de hacerlos impotentes.
En 2011 ScrewAttack clasificó a Shao Kahn como el cuarto mejor personaje de Mortal Kombat.
Fue votado como el noveno personaje más importante de la serie en una encuesta realizada por Dorkly ese mismo año.
La encarnación del personaje en Mortal Kombat 2011 ha sido criticada por lo difícil que es derrotarlo hasta el punto de frustrar a los jugadores; ese mismo año, CraveOnline lo incluyó en la lista de los cinco principales "jefes que quieres matar pero no puedes".