[2] Convirtió su primer gol el 9 de diciembre sobre San Carlos, al minuto 58', para el triunfo por 5-1.
[3] Para la temporada 1998-99, Javier regresó a su país para jugar en Santa Bárbara.
El 5 de mayo disputó la final del torneo continental frente al Deportivo Saprissa, rival en clásicos, empatando 1-1 en la ida.
[15] En la competencia del Clausura 2005, Javier llevó al club hasta la final y pudo tener su revancha luego de derrotar al cuadro saprissista en la última instancia.
[16] Para la final nacional por el cetro, el 22 de mayo se sobrepuso por 1-3 ante el Pérez Zeledón,[17] y el 28 de mayo sentenció la serie al vencer por 1-0 para convertirse campeón.
[28] En este torneo alcanzó el liderato del grupo A y venció al Brujas con marcador global de 1-0 por las semifinales.
[47] Debutó el 10 de julio perdiendo 2-1 frente al Xelajú.
[48] Tras finalizar la etapa de clasificación, el Municipal avanzó a la ronda eliminatoria en el sexto lugar.
[51] El 26 de septiembre quedó fuera del equipo tras resultados adversos.
[55] En las primeras seis fechas del Campeonato de Verano 2013, su equipo enlazó seis victorias consecutivas ante rivales como Limón (3-0),[56] Pérez Zeledón (1-2),[57] Carmelita (2-0),[58] Herediano (0-2),[59] San Carlos (2-0)[60] y Saprissa (2-3).
Accedió a la siguiente ronda del torneo en el segundo lugar.
[61] Sin embargo, el 25 de mayo perdió el encuentro de vuelta con el mismo marcador, por lo que se llevó a los penales donde finalmente favorecieron a los rivales.
[75] Pese a ser ratificado en su puesto para la siguiente campaña,[76] el 24 de mayo fue separado del equipo.
[78] Pasó las primeras cinco fechas del Torneo de Apertura sin conseguir la victoria, sumando tres empates y dos derrotas.
Tras librarse de la sequía mediante los triunfos sobre Liberia (1-0)[79] y Guadalupe (2-3),[80] su equipo volvió a pasar otra racha negativa sin ganar, siendo esta más extensa de ocho juegos.
[94] Culminó su carrera como internacional absoluto contabilizando 33 apariciones con dos anotaciones marcadas.