Durante su residencia en Buitenzorg quiso dejar los alrededores del palacio como un jardín de estilo paisajista inglés.
El fundador de "Lands Plantentuin" (Tierras de jardines con plantas), el nombre que le dieron los neerlandeses, fue Casper Georg Carl Reinwardt, un alemán que inicialmente viajó a Holanda donde estudió Ciencias Naturales especializándose en Botánica y Química.
En 1817, Reinwardt cuando tenía 44 años fue designado como director en asuntos agrícolas, artes y ciencias de Java e islas circundantes.
Blume que lo fue desde 1822 a 1826 se publicó el primer catálogo de plantas, contando 914 especies.
Estos árboles que crecen en las tierras del Perú entonces bajo la Corona española estaban controlados estrictamente para mantener la exclusividad de su comercialización en todo el mundo, sin embargo un hombre de la Compañía Neerlandesa de las Indias Orientales, logró sacar unas semillas que llegaron a Borog cultivándose en el jardín pudieron empezar a desarrollarse los árboles.
Cuando Indonesia, alcanzó la independencia, se hizo cargo de la dirección del Jardín botánico, cambiándole el nombre que desde entonces sería "Kebun Raya" (Gran Jardín), y "Kusnoto Setyodiworjo" sería el primer indonesio director-conservador.
En 1962 el jardín entró a formar parte del "Lembaga Biologi Nasional" (LBN) (Instituto Biológico Nacional), siendo designado su director, "Otto Soemarwoto" en 1964, durante su mandato pomovió la investigación pura, y enfocó al jardín como una institución de investigaciones biológicas tropicales, lo que en definitiva trajo una amplia gama de beneficios para la agricultura, la industria farmacéutica y el cuidado de la salud.
Aquí es donde se está investigando en la mejora de muchas especies frutales, tal como el naranjo, el rambután, guayaba, mangostán, aguacate, mango y durián.
Desde 1983, el "Kebun Raya", es por una orden ministerial el administrador directo de este Jardín botánico.
Este edificio fue ampliado en 1977 gracias a la ayuda financiera de la mujer del presidente "Ibu Siti Hartinah Soeharto".