Su gobernante fue el Buda Viviente Jebtsundamba Kutuktu VIII, conocido también como Bogd Khan, quien recibió el título de kan.
Al llegar el siglo XX, el colonialismo protagonizado por las potencias occidentales en Asia Oriental habían debilitado seriamente la influencia de la dinastía Qing.
En 1919 las autoridades chinas revocan la "autonomía" a los mongoles e invaden la región, ocupando Ulán Bator, desmantelando el kanato y poniendo al Bogd Khan bajo arresto domiciliario.
Sin embargo, en 1920 durante la guerra civil rusa, un oficial del Ejército Blanco llamado Roman Ungern von Sternberg penetró a Mongolia y expulsó a las fuerzas chinas, restaurando el poder del kanato y al Bogd Khan como monarca; no obstante, Ungern von Sternberg quiso cogobernar Mongolia de manera represiva y brutal, con el objetivo de fundar un nuevo gran imperio a semejanza del Imperio mongol.
La monarquía llegó a su fin en 1924 con la muerte del Bogd Khan y los comunistas declararon que no existía una novena reencarnación de Jebtsundamba Kutuktu.