Tras enviudar, contrajo matrimonio en 1418 con su primo el duque Juan IV de Brabante, hijo de su tío materno el duque Antonio de Brabante.

Jacqueline de Baviera intentó anular su matrimonio por cuestiones de proximidad familiar, después de un acuerdo entre su marido y el tío de éste, Juan III de Baviera, quien quería despojarla de sus posesiones neerlandesas.

Su anterior matrimonio no fue anulado definitivamente y este último fue invalidado.

En 1427, Jacqueline de Baviera, última condesa «autónoma», fue obligada a entregar el condado de Henao y, sucesivamente, sus demás posesiones a su primo Felipe el Bueno, duque de Borgoña, conde de Flandes, Namur y Luxemburgo.

Se esposó por cuarta vez con el noble zelandés Frank van Borselen.